Las instituciones y personas que gobernaron a la Nueva España durante la colonia fueron las siguientes, en orden de importancia:
El rey. A lo largo de toda la historia colonial el rey de España fue la autoridad suprema. En la época de la conquista de México el monarca en quien recayó la responsabilidad efectiva del gobierno fue el emperador Carlos I de España y V de Alemania. Su política fue fundamentalmente absolutista, es decir, concentrando en la corona poder absoluto, de manera que la voluntad real no tenía límites legales y constituía la ley suprema. Los reyes gobernaron, pues, a México desde España basándose en los informes que recibían, interviniendo personalmente en raras ocasiones ya que delegaron la autoridad en instituciones que actuaban en su nombre. Jamás un rey de España visitó México ni ninguna otra de las colonias españolas en América
El Real y Supremo Consejo de las Indias. Fue la autoridad subordinada de más alta categoría creada por el rey para gobernar las colonias en América, con un grupo de ministros nombrados por él. Las funciones del Consejo de Indias abarcaban toda clase de asuntos, incluso los relativos al aspecto administrativo y financiero de la Iglesia en las colonias. Las decisiones, sentencias, leyes y acuerdos del Consejo representaban de la manera más directa la voluntad real, y como el rey, el Consejo gobernaba desde España, donde tenía su asiento. La autoridad del Consejo era, pues, enorme y comprendía, para decir en términos actuales, la correspondiente a los poderes legislativo, ejecutivo y judicial.
La Audiencia. Durante La Conquista y su consolidación fue Hernán Cortés quien gobernó en la Nueva España, sin embargo muy pronto el rey lo privó de su autoridad al establecer un órgano gubernamental superior que se llamó la Audiencia de México. Este órgano, como el Consejo de Indias, estaba integrado por varios magistrados llamados oidores, fungiendo uno de ellos como presidente de la Audiencia. En términos generales, las funciones de este órgano eran una mezcla de poderes, porque no sólo gobernaba en lo político y en lo administrativo, sino que también era un tribunal superior en asuntos civiles y criminales.
En la Nueva España hubo Audiencia antes de la creación del cargo de virrey, y en ese tiempo fue la autoridad más alta de la colonia, aunque, desde entonces, su poder no incluía asuntos militares, ya que estos correspondían al Capitán General (ejercido en un principio por Hernán Cortés) ni asuntos relativos a la hacienda y los impuestos, que estaban al cuidado de funcionarios llamados oficiales reales. El gobierno de la primera Audiencia fue desastroso por los terribles abusos que cometieron los oidores, al grado de que estuvieron a punto de provocar una rebelión. La segunda Audiencia, en cambio, fue ejemplar, de ella formó parte don Vasco de Quiroga que después fue obispo de Michoacán y un gran benefactor de los indios de esa región.
Además de la Audiencia de México existió la que se llamó Audiencia de la Nueva Galicia, o sea la de Jalisco. Residía en la ciudad de Guadalajara y era subordinada de la Audiencia de México. Ambas se mantuvieron a lo largo de toda la historia colonial.
El virrey y otros funcionarios. La pésima administración y desmanes de la primera Audiencia, entre otros factores, mostró la necesidad de que residiera en México un funcionario que representara en la colonia a la persona del monarca. El título que se le dio a ese funcionario fue el de virrey, palabra que, precisamente, quiere decir el que está en lugar del rey. Los poderes y facultades del virrey fueron muy amplios. En él se depositó toda la acción gubernamental y administrativa de la colonia que se había concedido a la Audiencia, y ésta quedó a ese respecto como un órgano que auxiliaba al virrey, puesto que éste era el presidente titular de la Audiencia. Sólo en los casos en que faltaba el virrey por muerte u otra circunstancia, la Audiencia recobraba provisionalmente su poder mientras el nuevo virrey tomaba las riendas del gobierno. El poder de la Audiencia como tribunal de justicia quedó intacto, porque en esos asuntos el virrey no tenía facultades. El virrey, además, ostentaba el cargo de capitán general y era el jefe supremo en asuntos militares. En una palabra, el virrey fue la autoridad local suprema y su poder subsistió durante todos los años de la historia colonial. Del virrey dependían una multitud de empleados y autoridades subalternas por medio de las cuales gobernaba el enorme territorio bajo su mando. De esas autoridades las más importantes fueron los alcaldes mayores y los corregidores, que residían en las principales ciudades de provincia. En la época final de la colonia, las extensas regiones del norte del virreinato fueron sujetas a gobiernos especiales llamados Comandancias de las Provincias Internas, y además todo el territorio de la colonia fue dividido en porciones que se conocían con el nombre de Intendencias. Los funcionarios que gobernaban las nuevas entidades le restaron poder a los virreyes, aunque éste fuera de todos modos el jefe supremo.
Visitadores. Eran enviados del rey, investidos de gran autoridad y su labor era la de inspeccionar y revisar la conducta de las autoridades,virrey incluido, y de imponer suspensiones y penas. Generalmente los visitadores eran enviados cuando ocurrían alborotos graves que alteraban la tranquilidad y el orden públicos, cuando había sospecha de malos manejos financieros, o cuando estaba en peligro la fidelidad de la colonia al rey, como en el sonado caso de la llamada "Conjuración del marqués del Valle" que fue el intento del hijo de Hernán Cortés y de un grupo de encomenderos ricos de separar la Nueva España para convertirla en un reino independiente o cuando José de Gálvez, villano visitador se encargó de la expulsión de los jesuitas.
Juicio de residencia. Más que una institución era una instancia y consistía en una investigación pública acerca del modo en que un empleado o un funcionario había desempeñado su cargo, particularmente acerca del manejo de la hacienda. En casos importantes, como eran los relativos al gobierno y honradez de los virreyes, la investigación la llevaba a cabo un juez especial enviado desde España. El juicio se llamaba de residencia, porque se llevaba a cabo en el lugar en que había residido el funcionarío enjuiciado y porque no se podía ausentar de él sin dejar un apoderado que respondiera a los cargos.
Ayuntamientos. A las ciudades y pueblos se les reconocía personalidad como entidades independientes en todo lo relativo a sus intereses particulares. Para la representación legal y administración de esos intereses las ciudades o pueblos tenían unos funcionarios y empleados que, reunidos en un cuerpo de gobierno, tomaban el nombre de ayuntamiento, porque esta palabra significa, precisamente junta o reunión de personas. A los ayuntamientos, pues correspondía resolver, reglamentar y ejecutar todo lo concerniente a la vida de la ciudad y a su desarrollo físico. Es imposible enumerar la multitud y gran variedad de asuntos que caían bajo el gobierno del ayuntamiento, pero para dar una idea de ello pueden decirse que, en términos generales, eran los que hoy corresponden a los gobernadores actuales.
Puesto que la ciudad de México era la mayor y principal de todas las ciudades de la Nueva España, su ayuntamiento también gozó de igual preeminencia. Pero a este respecto es muy necesario subrayar el otro motivo de su importancia en la vida de la colonia. En efecto, como el ayuntamiento era una autoridad que no procedía directamente del rey, sino que era de origen local y representativa de los colonos, inevitablemente se convirtió en el órgano defensa de los intereses de aquéllos en la creciente pugna con los intereses cada vez más absorbentes de la corona. Y fue así que, encabezando a los ayuntamientos de las otras ciudades, el de México adquirió una fuerza política y social a cuyo amparo se incubaron los anhelos de libertad y de independencia.
